近几年来，对虾业面临最大的难题，无疑是病害问题，不仅如此，其他鱼类等品种病害暴发也不断加重。对此，“净水渔业、生态渔业”的观点，给业界提供了一条可供探讨的思路。 这个思路来自水生态系统修复中的“下行控制”理念，即通过调控生态系统中较高级营养阶层的种群结构，对低营养阶层产生影响，达到维护、修复水生态系统的目的。
据介绍，在我国华东、华中地区，有很多湖泊用于水产养殖，由于长期大量投饵、大量用药，导致富营养化严重、生物种群崩溃、藻类大量孽生，并引发了一系列的食品安全、水质安全问题。 “净水渔业”追求的是，同时实现渔业生产和环境修复两个目标，这样既满足了水产品供给，又解决了食品安全问题，渔业也得以可持续发展。”以大水面养殖水体为例介绍，不放养草食性鱼类(草鱼、团头鲂等);增放养滤食性鱼类(鲢、鳙等)、食碎屑性鱼类(细鳞鲴、鲫鱼等)小型肉食性鱼类(塘鳢鱼、黄颡鱼等)、增殖青虾、河蟹、螺蛳等底栖类动物，以净化水质，保持水产养殖业的可持续发展。 在此模式中，不养草鱼是为了保护水草，放养食碎屑性鱼类和底栖动物是为了清洁底层积累的残渣，其中较关键的措施是增加放养小型肉食性鱼类，它们可以捕食大量的小型野杂鱼，这样就增加了浮游动物的数量，降低了藻类生物量，达到了恢复水质的作用。再配合有益菌类等微生态产品，可以实现无公害、可持续养殖。