近年的推广应用中，EM菌主要有以下几方面有点： 　　
一是减少病原微生物和不良藻类、明显增强养殖对象的免疫力和抗病性，降低发病率，提高成活率。该市白驹镇沿堤村2011年在1600亩虾蟹混养养殖过程中使用EM菌，养殖户反映EM菌原液可使蟹苗成活率提高近一倍。 　　
二是增加有益微生物数量。水面浮游动物、有益藻类增多。 　　
三是稳定和改善水质，水体颜色清爽，不臭不腐，无硫化氢、氨气等异味，能见度在25－50cm的时间长且较稳定，换水时间可延长2倍以上，在资源利用起到节约的作用。 　　
四是鱼虾粪、池底杂质和下脚料不会变成淤泥而呈散沙状。 　　
五是促进生长，增重率明显提高。该市刘庄镇示范户孙海华去年在技术指导员的指导下，100亩草鱼养殖过程中使用EM菌，成鱼上市比往年提前10－15天，平均亩产提高20%－35%，产卵量增加25%，效益有了较大的提高。